Al regresar a Guatemala la situación del gobierno era desesperada y el ataque inminente. El 27 de junio de 1954 los jefes del Ejército de Guatemala decidieron desconocer la autoridad de Arbenz y exigir su renuncia. El 16 de junio aviones de mercenarios militares comenzaron a bombardear la ciudad de Guatemala y dos días después un ejército al mando de Castillo Armas ingresó al país desde Honduras. A fines de mayo de 1954, Guevara salió de Guatemala hacia El Salvador para renovar el visado, aprovechando para visitar San Salvador y las ruinas mayas de Chalchuapa y Quiriguá, estas últimas nuevamente en Guatemala.
